La tuberculose

Cette approche a été ensuite complétée par le séquençage du génome entier (WGS) pour identifier les mécanismes d’adaptation évolutive et de diffusion du bacille, y compris sous forme antibiorésistante. Les chercheurs ont ainsi pu identifier plusieurs branches évolutives ancestrales du pathogène, aux propriétés biologiques exceptionnelles en Afrique de l’Est. L’étude de souches obtenues par évolution spontanée ou expérimentale a mené à l’identification de mécanismes génétiques ayant accru la virulence et la persistance infectieuse au cours de l’évolution du bacille, représentant de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles. Les chercheurs ont aussi pu retracer l’origine et les facteurs impliqués dans la propagation de clones épidémiques multi-résistants majeurs en Eurasie et en Afrique australe, dont certains échappent aux diagnostics standards approuvés par l’OMS.

Afin de répondre à ce problème, un nouveau test de diagnostic rapide, appelé Deeplex®-MycTB a été développé par Genoscreen avec la collaboration du Dr Supply, à partir de données de séquençage de plus de 30,000 génomes de souches de M. tuberculosis. Basé sur le séquençage de nouvelle génération, ce test permet de prédire la résistance à 15 antituberculeux simultanément, directement à partir d’échantillon clinique sans culture. Deux larges essais de diagnostic clinique, conduits avec des centres en Afrique, en Eurasie et en Inde avec les kits produits par Genoscreen, ont révélé des résultats dépassant les cibles de performances préétablies par l’OMS, pour l’ensemble des antibiotiques évalués. Ces performances inégalées par d’autres tests ont conduit à l’approbation de ce diagnostic par l’OMS en 2023, puis à son intégration dans les lignes directrices internationales de l’organisation en 2024. Ce kit est déjà utilisé dans plus de 30 pays.

Un autre test a été développé par GenoScreen avec le concours du chercheur pour l’identification et la détection sans culture d’antibiorésistance de Mycobacterium leprae, incultivable en milieu synthétique, et encore à l’origine de plusieurs centaines de milliers de cas de lèpre chaque année à travers le monde.

Outre la collaboration industrielle avec GenoScreen, ces travaux impliquent de multiples collaborations avec des équipes et organisations nationales (Institut Pasteur de Paris, IPBS à Toulouse) et internationales, dont l’OMS, le consortium CRyPTIC mené par l’Université d’Oxford, la Fondation for Innovative New Diagnostics (Genève), et le centre de recherche de Borstel (Allemagne). Ces résultats ont fait l’objet de 20 publications dans les revues des séries Nature, Lancet ou le New England Journal of Medicine sur la dernière décennie.

Mise au point d’un nouvel outil d’immunodétection d’infection silencieuse

Le groupe de recherche dirigé par la Dr Nathalie Mielcarek du Centre d’Infection et d’Immunité de Lille se concentre sur la caractérisation de l’antigène HBHA de Mycobacterium tuberculosis. Cette adhésine, découverte par le groupe, est une protéine méthylée associée à la surface et est impliquée dans la dissémination extra-pulmonaire. Le groupe du Dr Locht, en collaboration avec le groupe de F. Mascart à l’Université Libre de Bruxelles en Belgique, a établi sa valeur pour le diagnostic de l’infection latente à M. tuberculosis. Le développement de ce nouvel outil diagnostic se poursuit actuellement avec un partenaire avec Sciensano, l’Institut de Santé Publique en Belgique, faisant également partie du réseau international des Instituts Pasteur.

Le groupe du Dr Camille Locht travaille à la mise au point d’un vaccin de rappel qui permettrait de prolonger l’efficacité de la primo-vaccination avec le BCG. En effet, le BCG protège efficacement les jeunes enfants contre la tuberculose disséminée mais son efficacité est réduite pour protéger les adultes contre la tuberculose pulmonaire. Les chercheurs travaillent sur le développement d’un vaccin basé sur une plateforme biotechnologique originale, issue d’une souche génétiquement atténuée du germe de la coqueluche et initialement développée comme nouveau vaccin nasal contre cette dernière maladie. Dans le cadre d’une vaste collaboration internationale académique et privée, les chercheurs montrent dans un essai clinique de phase 2, l’efficacité et la sûreté chez l’adulte de ce nouveau vaccin contre la coqueluche. Ce travail, publié dans la prestigieuse revue The Lancet, représente une avancée majeure dans le domaine.