Plateforme LIGAN – Médecine personnalisée
UMR 1283 / 8199

Présentation
Installée dans les locaux d’EGID sur le site du CHU de Lille, la plateforme lilloise LIGAN-Médecine Personnalisée est dédiée au séquençage de nouvelle génération et à la génomique de pointe. L’utilisation de nos séquenceurs à haut débit et de notre plateforme de génotypage est dédiée à la médecine de précision. Elle est par ailleurs ouverte à toutes les applications de génétique et génomique quel que soit l’organisme. Elle inclut plusieurs séquenceurs Illumina (MiSeq, NextSeq, NovaSeq), de multiples robots pour la préparation de librairies, un plateau dédié au génotypage et d’autres appareils de pointe de génétique et génomique (tels que NanoString).
La plateforme comprend plusieurs groupes :
- un groupe dédié à la biobanque, pour la réception des échantillons, les extractions d’ADN et d’ARN, et le stockage des échantillons,
- un groupe dédié au séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le développement et l’application des protocoles,
- un groupe dédié au génotypage par puce à ADN pour les analyses de méthylation et d’association pangénomique (GWAS),
- un groupe dédié à la bioinformatique,
- un groupe dédié à la biostatistique,
- un groupe dédié au management des ressources informatiques afin de gérer les analyses bioinformatiques/biostatistique et de stoker les données générées,
- un groupe dédié à la cellule qualité.
Site internet : http://ligan.good.cnrs.fr
Membres
Amélie BONNEFOND
DR Inserm, responsable de la plateforme et pilote du post-analytique
Frederic ALLEGAERT
AI, Biobanque
Souhila AMANZOUGARENE
IE, Bioinformatique
Anne-Sophie ANTOINE
AI, Assistante LIGAN
Alaa BADREDDINE
IE, Bioinformatique
Lionel BERBERIAN
IE, Bioinformatique
Mathilde BOISSEL
IE, Biostatistique
Raphaël BOUTRY
AI, Technique séquençage
Mickaël CANOUIL
IE, Biostatistique
Hélène DE GRAVE
IE, RH
Aurélie DECHAUME
IE, Technique séquençage
Fabien DELAHAYE
Postdoc, expertise single-cell
Marion DELBARRE
IE, Celulle Qualité ISO1589 et Technique séquençage
Mehdi DERHOURHI
IR, Bioinformatique
Julien DEROP
IE, Celulle Qualité ISO1589, Technique séquençage, Responsable technico-commercial
Emmanuelle DURAND
IE, Technique séquençage
Philippe FROGUEL
PU-PH, CHU Lille, directeur d’unité
Corentin GIRARD
AI, Celulle Qualité ISO1589
Mélanie HOCQUET
Secrétaire, RH
Nicolas KUREZOBA
Technicien, Achat
Anne-Sophie LEDOUX
IE, Informatique
Hélène LOISELLE
AI, Technique séquençage
Vincent MASSY
IE, Informatique
Lijiao NING
IE, Biostatistique
Bénédicte TOUSSAINT
IE, Technique séquençage
Emmanuel VAILLANT
IE, Technique séquençage
Nicolas VANEECHOUTTE
IE, Informatique
Vincent VATIN
AI, Achat
Martine VAXILAIRE
DR Pasteur Lille, co-pilote post-analtytique
Publications
Bonnefond A, Boissel M, Bolze A, Durand E, Toussaint B, Vaillant E, Gaget S, Graeve F, Dechaume A, Allegaert F, Guilcher DL, Yengo L, Dhennin V, Borys JM, Lu JT, Cirulli ET, Elhanan G, Roussel R, Balkau B, Marre M, Franc S, Charpentier G, Vaxillaire M, Canouil M, Washington NL, Grzymski JJ, Froguel P.
Pathogenic variants in actionable MODY genes are associated with type 2 diabetes.
Nat Metab. 2020 Oct;2(10):1126-1134.
Baron M, Maillet J, Huyvaert M, Dechaume A, Boutry R, Loiselle H, Durand E, Toussaint B, Vaillant E, Philippe J, Thomas J, Ghulam A, Franc S, Charpentier G, Borys JM, Lévy-Marchal C, Tauber M, Scharfmann R, Weill J, Aubert C, Kerr-Conte J, Pattou F, Roussel R, Balkau B, Marre M, Boissel M, Derhourhi M, Gaget S, Canouil M, Froguel P, Bonnefond A.
Loss-of-function mutations in MRAP2 are pathogenic in hyperphagic obesity with hyperglycemia and hypertension.
Nat Med. 2019 Nov;25(11):1733-1738.
Saeed S, Bonnefond A, Tamanini F, Mirza MU, Manzoor J, Janjua QM, Din SM, Gaitan J, Milochau A, Durand E, Vaillant E, Haseeb A, De Graeve F, Rabearivelo I, Sand O, Queniat G, Boutry R, Schott DA, Ayesha H, Ali M, Khan WI, Butt TA, Rinne T, Stumpel C, Abderrahmani A, Lang J, Arslan M, Froguel P.
Loss-of-function mutations in ADCY3 cause monogenic severe obesity.
Nat Genet. 2018 Feb;50(2):175-179.
Juge PA, Borie R, Kannengiesser C, Gazal S, Revy P, Wemeau-Stervinou L, Debray MP, Ottaviani S, Marchand-Adam S, Nathan N, Thabut G, Richez C, Nunes H, Callebaut I, Justet A, Leulliot N, Bonnefond A, Salgado D, Richette P, Desvignes JP, Lioté H, Froguel P, Allanore Y, Sand O, Dromer C, Flipo RM, Clément A, Béroud C, Sibilia J, Coustet B, Cottin V, Boissier MC, Wallaert B, Schaeverbeke T, Dastot le Moal F, Frazier A, Ménard C, Soubrier M, Saidenberg N, Valeyre D, Amselem S; FREX consortium, Boileau C, Crestani B, Dieudé P.
Shared genetic predisposition in rheumatoid arthritis-interstitial lung disease and familial pulmonary fibrosis.
Eur Respir J. 2017 May 11;49(5):160231
Louis-Dit-Picard H, Barc J, Trujillano D, Miserey-Lenkei S, Bouatia-Naji N, Pylypenko O, Beaurain G, Bonnefond A, Sand O, Simian C, Vidal-Petiot E, Soukaseum C, Mandet C, Broux F, Chabre O, Delahousse M, Esnault V, Fiquet B, Houillier P, Bagnis CI, Koenig J, Konrad M, Landais P, Mourani C, Niaudet P, Probst V, Thauvin C, Unwin RJ, Soroka SD, Ehret G, Ossowski S, Caulfield M; International Consortium for Blood Pressure (ICBP), Bruneval P, Estivill X, Froguel P, Hadchouel J, Schott JJ, Jeunemaitre X.
Shared genetic predisposition in rheumatoid arthritis-interstitial lung disease and familial pulmonary fibrosis.
Nat Genet. 2012 Mar 11;44(4):456-60, S1-3.
Mots-clés
Séquençage de nouvelle génération ; Génotypage ; Puce à ADN ; ISO15189 ; Bioinformatique ; Biostatistique ; Diagnostic génétique ; Maladies rares ; Génomique ; Épigénétique ; Épitranscriptomique ; Séquençage du génome entier ; Séquençage de l’exome entier ; RNA-seq ; ChIP-seq ; HiC ; Méthylation ; Single-cell ; Étude d’association pangénomique
Contact d’équipe
Amélie Bonnefond
Responsable de la plateforme
amelie.bonnefond@inserm.fr
03 74 00 81 18