METAB-OMICS Multi-omique et physiopathologie des maladies métaboliques
Université de Lille – CHU de Lille – CNRS – Inserm – Institut Pasteur de Lille
Directrice : Amélie BONNEFOND
Les équipes de recherche
Responsables : Amélie BONNEFOND / Philippe FROGUEL
L’unité METAB-OMICS – « Multi-omique et physiopathologie des maladies métaboliques », dirigée par Amélie Bonnefond, rassemble des chercheurs, cliniciens, enseignants, ingénieurs et techniciens autour de l’étude intégrée des maladies métaboliques telles que le diabète, l’obésité et leurs complications.
L’unité est placée sous la tutelle du CNRS, de l’Inserm, de l’Université de Lille, de l’Institut Pasteur de Lille et du CHU de Lille.
METAB-OMICS est structurée en deux équipes de recherche labellisées :
- Équipe 1 – « (Epi)génomique des maladies métaboliques », dirigée par Amélie Bonnefond (DR1 Inserm), explore les bases génétiques et épigénétiques des maladies métaboliques à l’aide d’approches génomiques et multi-omiques de nouvelle génération. L’équipe s’intéresse notamment aux formes communes multifactorielles du diabète de type 2 et de l’obésité (dites polygéniques), mais aussi aux formes plus rares, dites monogéniques, dans lesquelles une seule mutation peut suffire à entraîner la maladie. L’objectif est d’identifier de nouveaux gènes et de nouvelles voies de signalisation, notamment épigénétiques, impliqués dans ces pathologies, afin d’en améliorer la compréhension et de contribuer à l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques, à une meilleure stratification des patients et au développement d’approches de médecine de précision.
- Équipe 2 – « Métabolome, Microbiome et Maladies Métaboliques », dirigée par Marc-Emmanuel Dumas (DR2 CNRS), étudie les interactions entre le métabolome, le microbiome et la physiopathologie des maladies métaboliques. Les recherches de l’équipe portent en particulier sur le rôle du métabolome dans les maladies cardiométaboliques afin de mieux comprendre les mécanismes de régulation intégrée du métabolisme, en combinant des approches de génomique, de microbiomique et de biologie des systèmes. L’équipe s’intéresse notamment à l’influence du microbiome et de ses produits métaboliques dans les maladies métaboliques et cardio-respiratoires. Elle utilise la métabolomique pour identifier de nouveaux biomarqueurs et décrypter les mécanismes impliqués dans ces pathologies, ainsi que dans les processus inflammatoires chroniques, y compris la neuro-inflammation.
Les activités scientifiques des deux équipes s’appuient sur deux plateformes technologiques majeures, ouvertes à la communauté scientifique :
- LIGAN, associée à l’équipe 1, spécialisée dans les technologies multi-omiques reposant principalement sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) et l’analyse génomique à grande échelle
- IMPACT-PM, associée à l’équipe 2, dédiée à la métabolomique basée sur la spectrométrie de masse haute résolution, avec une expertise particulière dans l’étude des métabolites dérivés du microbiote.
Grâce à ces infrastructures et à son expertise multidisciplinaire, l’unité METAB-OMICS développe des approches intégratives visant à mieux comprendre les mécanismes des maladies métaboliques et à contribuer au développement de la médecine de précision.
