LiverID – Contrôle moléculaire des altérations physiopathologiques de l’identité des cellules hépatiques

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Équipe 4 – INSERM U1011 – Université de Lille – CHU Lille – Institut Pasteur de Lille

Les maladies du foie constituent un fardeau majeur pour la santé humaine. En particulier, les modes de vie modernes incluant notamment une alimentation et consommation d’alcool excessives sont à l’origine d’un nombre toujours grandissant d’insuffisances hépatiques et de cancers.
Les pathologies du foie découlent d’altérations dans les activités des hépatocytes, le principal type de cellule qui compose cet organe. En effet, un foie dysfonctionnel est caractérisé par des hépatocytes en mauvaise santé, incapables de maintenir des fonctions homéostatiques normales. L’altération des fonctions hépatocytaires s’accompagne de modifications des activités d’autres types de cellules du foie dont les cellules hépatiques stellaires (HSC). En effet, les HSC sont capables d’adopter un phénotype myofibroblastique qui est responsables du développement de la fibrose, un stade avancé des maladies chroniques du foie caractérisé par une altération de la matrice dans laquelle se trouvent les hépatocytes au sein de cet organe.
Notre équipe étudie les mécanismes moléculaires mis en jeu dans les foies malades et qui sous-tendent les altérations des activités des hépatocytes et des HSC. Plus précisément, nous étudions comment les altérations de l’expression des gènes se produisent dans ces cellules et si celles-ci peuvent être corrigées pour rétablir des fonctions cellulaires normales. Enfin, compte tenu du fait que les cellules hépatiques communiquent directement entre elles en échangeant des messages, nous étudions également comment les modifications de l’expression des gènes se traduisent par une modification du dialogue intercellulaire dans les foies malades.
Grâce à nos travaux, nous espérons contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires qui déclenchent l’altération des fonctions hépatiques dans l’espoir d’identifier de potentielles nouvelles stratégies pour traiter les maladies du foie.

 

L’équipe 4 de l’UMR1011 a développé de nombreuses expertises :

  1. Dans les analyses multi-omiques de la régulation transcriptionnelle des gènes (Bulk and scRNAseq, ChIPseq, RIME, Etc)
  2. Dans les analyses bioinformatiques : analyses de données et apprentissage automatique pour l’intégration de données
  3. Dans la modélisation in vivo et ex vivo des maladies hépatiques (Cellules primaires de foie murins, modèles murins de maladies du foie, cultures ex vivo de tranches de foies (PCLS))

Financements

Actualités

Les travaux récents de notre équipe ont permis de :

  • Identifier le sexe et le temps comme principales variables impactant la dérégulation transcriptionnelle dans la stéatohépatite associée à un dysfonctionnement métabolique (MASLD) (Vandel et al. Hepatology 2020; Johanns et al. JHEP Rep 2024).
  • Révéler que l’identité des hépatocytes est contrôlée par un large éventail de facteurs de transcription au-delà du réseau de régulation de base précédemment reconnu, y compris le récepteur bêta de l’hormone thyroïdienne (THRB) (Dubois-Chevalier et al. EMBO Rep 2023).
  • Identifier le facteur de transcription BNC2 et son O-GlcNacylation comme des pierres angulaires dans l’établissement du programme transcriptionnel myofibroblastique impliqué dans le développement de la fibrose hépatique (Bobowski-Gerard M et al. Nat Commun 2022; Very N et al. Cell Death & Dis 2024).
  • Démontrer que des altérations apparemment réversibles des activités métaboliques du foie chez le jeune âge adulte peuvent prédisposer cet organe à un dysfonctionnement exacerbé lorsqu’il est confronté à des désordres métaboliques chroniques plus tard dans la vie (Berthier et al. J Hepatol 2025).
  • Caractériser les mécanismes de régulation épigénétique et transcriptionnelle de la transdifférenciation des hépatocytes en cholangiocytes (Vasseur et al. PLoS Biol 2025)

Membres

Jérôme EECKHOUTE

Directeur de Recherche 2 CNRS, responsable d'équipe

N. ORCID : 0000-0002-7222-9264

Philippe Lefebvre

Directeur de Recherche 1 Inserm, Responsable d’équipe

N. ORCID : 0000-0002-9366-5129

Lora Autier

Ingénieure d'étude, Université de Lille

Alexandre BERTHIER

Chercheur Post-doctorant

N. ORCID : 0000-0003-4153-4810

Desiree de BRUIN

Doctorante, Université de Lille

N. ORCID : 0009-0005-4186-4627

Julie DUBOIS-CHEVALIER

Ingénieur de Recherche INSERM, Responsable plateforme-bioinformatique

N. ORCID : 0000-0003-0471-752X

Sandra COURQUET

Ingénieur d’étude Université de Lille

N. ORCID : 0000-0002-2442-3222

Hélène DEHONDT

Ingénieur d’étude Université de Lille

N. ORCID : 0000-0003-2900-4673

Dmitry GALINOUSKY

Chercheur Post-doctorant

N. ORCID : 0000-0002-2522-6052

Céline GHEERAERT

Ingénieur d’étude Université de Lille

N. ORCID : 0000-0003-b-6363

Marie Lapage

Ingénieure d'étude, Université de Lille

Georgiana TOMA

Chercheur Post-doctorante

N. ORCID : 0000-0003-0356-9158

Mahdi Attabi

Etudiant en Master, Université de Lille

Mots-clés

Contact d'équipe

Jérôme EECKHOUTE

Directeur de Recherche 2 CNRS, responsable d'équipe

N. ORCID : 0000-0002-7222-9264

Publications

Derepression of the epithelial transcription factor GRHL2 promotes direct hepatocyte-to-cholangiocyte transdifferentiation.

Vasseur L, Gheeraert C, Dubois-Chevalier J, Very N, Guille L, Bou Saleh M, Boulet C, Sobolewski C, Loyer P, Berthier A, Legrand N, Corlu A, Gnemmi V, Lasailly G, Leteurtre E, Galinousky D, Bongiovanni A, Taront S, Toft NI, Grøntved L, Tulasne D, Furlan A, Ntandja-Wandji LC, Staels B, Lefebvre P, Dubuquoy L, Eeckhoute J.

Unveiling the Molecular Legacy of Transient Insulin Resistance: Implications for Hepatic Metabolic Adaptability.

Berthier A, Gheeraert C, Vinod M, Johanns M, Guille L, Haas JT, Dubois-Chevalier J, Eeckhoute J, Staels B, Lefebvre P.

Increased O-GlcNAcylation connects metabolic to transcriptional reprogramming during pathophysiological cell activation.

Very N, Staels B, Eeckhoute J.

O-GlcNAcylation controls pro-fibrotic transcriptional regulatory signaling in myofibroblasts.

Very N, Boulet C, Gheeraert C, Berthier A, Johanns M, Bou Saleh M, Guille L, Bray F, Strub JM, Bobowski-Gerard M, Zummo FP, Vallez E, Molendi-Coste O, Woitrain E, Cianférani S, Montaigne D, Ntandja-Wandji LC, Dubuquoy L, Dubois-Chevalier J, Staels B, Lefebvre P, Eeckhoute J

Nuclear receptors: pathophysiological mechanisms and drug targets in liver disease.

Dubois V, Lefebvre P, Staels B, Eeckhoute J.

The Molecular Circadian Clock Is a Target of Anti-cancer Translation Inhibitors.

Berthier A, Gheeraert C, Johanns M, Vinod M, Staels B, Eeckhoute J, Lefebvre P.

Time-of-day-dependent variation of the human liver transcriptome and metabolome is disrupted in MASLD.

Johanns M, Haas JT, Raverdy V, Vandel J, Chevalier-Dubois J, Guille L, Derudas B, Legendre B, Caiazzo R, Verkindt H, Gnemmi V, Leteurtre E, Derhourhi M, Bonnefond A, Froguel P, Eeckhoute J, Lassailly G, Mathurin P, Pattou F, Staels B, Lefebvre P.

An extended transcription factor regulatory network controls hepatocyte identity.

Dubois-Chevalier J, Gheeraert C, Berthier A, Boulet C, Dubois V, Guille L, Fourcot M, Marot G, Gauthier K, Dubuquoy L, Staels B, Lefebvre P, Eeckhoute J.

A time- and space-resolved nuclear receptor atlas in mouse liver.

Zummo FP, Berthier A, Gheeraert C, Vinod M, Bobowski-Gérard M, Molendi-Coste O, Pineau L, Jung M, Guille L, Chevalier-Dubois J, Dombrowicz D, Staels B, Eeckhoute J, Lefebvre P.

Functional genomics uncovers the transcription factor BNC2 as required for myofibroblastic activation in fibrosis.

Bobowski-Gerard M, Boulet C, Zummo PF, Dubois-Chevalier J, Gheeraert C, Bou Saleh M, Strub J-M, Farce A, Ploton M, Guille L, Vandel J, Bongiovanni A, Very N, Woitrain E, Deprince A, Lalloyer F, Bauge E, Ferri L, Ntandja-Wandji L-C, Cotte KA, Grangette C, Vallez E, Cianférani S, Raverdy V, Caiazzo R, Gnemmi V, Leteurtre E, Pourcet B, Paumelle R, Ravnskjaer K, Lassailly G, Haas TJ, Mathurin P, Pattou F, Dubuquoy L, Staels B, Lefebvre P, Eeckhoute J..

Timed use of digoxin prevents heart ischemia–reperfusion injury through a REV-ERBα–UPS signaling pathway.

Vinod M, Berthier A, Maréchal X, Gheeraert C, Boutry R, Delhaye S, Annicotte J-S, Duez H, Hovasse A, Cianférani S, Montaigne D, Eeckhoute J, Staels B, Lefebvre P

Hepatic molecular signatures highlight the Non-Alcoholic SteatoHepatitis (NASH) sexual dimorphism.

Vandel J, Dubois-Chevalier J, Gheeraert C, Derudas B, Raverdy V, Thuillier D, Van Gaal L, Francque S, Pattou F, Staels B, Eeckhoute J, Lefebvre P.

The Nuclear Bile Acid Receptor FXR is a PKA- and FOXA2-Sensitive Activator of Fasting Hepatic Gluconeogenesis.

Ploton M, Mazuy C, Gheeraert C, Dubois V, Berthier A, Dubois-Chevalier J, Maréchal X, Bantubungi-Blum K, Diemer H, Cianférani S, Strub JM, Helleboid-Chapman A, Eeckhoute J, Staels B, Lefebvre P.

Combinatorial regulation of hepatic cytoplasmic signaling and nuclear transcriptional events by the OGT/REV-ERBα complex.

Berthier A, Vinod M, Porez G, Steenackers A, Alexandre J, Yamakawa N, Gheeraert C, Ploton M, Maréchal X, Dubois-Chevalier J, Hovasse A, Schaffer-Reiss C, Cianférani S, Rolando C, Bray F, Duez H, Eeckhoute J, Lefebvre T, Staels B, Lefebvre P.